西晋王朝灭亡后，公元317年，镇守建康(今江苏省南京市)的司马睿在江南重建晋室，史称东晋，那么我们通常说的东晋十六国是指的哪十六国?
“十六国”史称源出于北魏崔鸿所撰的《十六国春秋》：“五凉、四燕、三秦、二赵，并成、夏为十六”。
从公元304年巴氐族李雄建立成汉和匈奴贵族刘渊建立汉国，316年灭掉西晋，到439年鲜卑拓跋部统一北方，这100多年里，北方各民族相互争战，先后建立了前赵(匈奴)、后赵(羯)、前燕(鲜卑)、前凉(汉)、前秦(氐)、后秦(羌)、后燕(鲜卑)、西秦(鲜卑)、后凉(氐)、南凉(鲜卑)、西凉(汉)、北凉(卢水胡)、南燕(鲜卑)、北燕(汉)、夏(匈奴)、成汉(巴氐)等政权，总称十六国。
公元46年后，东汉朝廷常以招引或强制的方式，将边疆的北方各族内迁，以便监控各族或是增加兵源和劳动力。到了西晋时，中国北部、东部和西部，尤其是并州和关中一带，大量胡族与汉族杂住。史书记载“西北诸郡皆为戎居”，关中百万余口“戎狄居半”，对晋帝国呈现半包围形势。除了辽河流域的鲜卑和青海、甘肃的氐、羌外，大都由原住地迁来。
270年晋武帝时，河西鲜卑秃发树机能与匈奴刘猛率众内侵，直至九年后始平。
294年晋惠帝时，匈奴郝散叛乱，不久平定。两年后其弟刘度元以齐万年为首，联合西北马兰羌、卢水胡举兵，晋将周处阵亡，此事至299年方平。而后郭钦与江统相继建议强制迁离胡族，江统更著有《徙戎论》，但晋室不予采纳。当朝廷元气大伤后，周边胡族便趁机举兵。
八王之乱的爆发，使晋廷失去在地方的影响力，胡族陆续叛变。晋惠帝时，益州内乱，巴氐势力扩大。之后益州刺史罗尚击杀巴氐领袖李特。
304年成汉与汉赵的建立，开启了“五胡十六国时期”。
304年，李特子李雄继立后击败罗尚并称成都王，又于306年称帝，国号“大成”，338年改国号为“汉”，史称成汉。匈奴刘渊统领五部匈奴，成都王司马颖结其为外援。晋惠帝大安(太安)二年(303年)，部下推特(李特)为大将军，大赦，改元为建初元年，故也有人认为以改元为成汉建国开始，成汉建立于303年。
304年司马颖遭王浚围攻，遣刘渊回并州发兵支援。他乘机宣布独立，称汉王，自称继承汉朝正统。308年刘渊称帝并迁都至平阳，国号“汉”，后称前赵。
东晋政权(公元317年-公元420年)维持了长期的偏安统治，到公元420年被刘裕所建立的宋所取代，共享国103年，历4代11帝。
东晋是门阀政治发展的鼎盛时期，皇权衰落。司马睿称帝有赖于南方官僚士族的拥戴，东晋政权建立之初，先后平息了王敦和苏峻之乱，统治趋于稳定。门阀大族王、谢、庾、桓先后支配着王朝政局。
南来士族祖逖曾率军北伐，一度收复黄河流域。在此之后，当权的士族多标榜北伐以增加门户威望，其中以桓温的三次北伐最为著名。他曾经收复洛阳，进入关中，进兵河北，但都未能够巩固北伐成果。
公元383年，前秦南下，东晋面临空前威胁，在宰相谢安的运筹下，谢石、谢玄率北府兵大败前秦军队，取得了淝水之战的决定性胜利。此后，南方由于外乱威胁解除而爆发内战，孙恩、卢循起兵。桓玄在内战中获胜，一度篡晋。北府兵将领刘裕起兵镇压了农民军，并通过北伐树立威望，最终取代东晋。
东晋统治者不以恢复中原为意，门阀大族致力于南方的庄园经营。北方大族及大量汉族人口迁徙江南，给南方带来了先进的生产技术。南下的北方农民和土著农民辛勤劳动，开辟南方广大的山泽荒野，促进了江南的开发，使中国经济重心开始由黄河流域向长江流域转移。
与此同时，中国北方陷入分裂混战，中国西晋后期之前的中原人总体是汉民族，而西晋后期北方少数民族大量南迁中原，并建立数十个政权，历史称为东晋十六国的时期。
黄河流域成为匈奴、羯、鲜卑、氐、羌等「五胡」族军阀争杀的战场，各个「胡」族首领纷纷建立政权，和东晋汉族政权长期对峙，史称五胡十六国。
在十六国时期，除十六国之外，还有汉人冉闵建立的魏、丁灵翟氏建立的魏、武都氐帅杨氏建立的仇池国、鲜卑慕容氏建立的西燕、鲜卑拓跋氏建立的代五个政权，总计先后建立了21个政权。上述政权中，后赵、前燕、前秦都曾占据过北方的大部分疆域，尤其是前秦曾基本上统一了北方，不过时间都很短，在百余年时间，北方战乱基本上没有停息。
